Жануарлар әлемі
Резерваттағы омыртқалы жануарлар фаунасы балықтың 36 түрімен, қосмекенділердің 3 түрімен, бауырымен жорғалаушылардың 19 түрімен, құстардың 303 түрімен, сүтқоректілердің 45 түрімен ұсынылған.
Балықтар
Резерваттың Іле-Балқаш бассейніне жататын су тоғандарында бүгінгі таңда балықтардың 36 түрі мекендейді, оның 5 түрі Қазақстанның қызыл кітабына енгізілген.
Эндемді балықтарға 6 түрі жатады: жетісі және балқаш гольянысемиреченский и балхашский гольяны, балқаш қара-балығы, бiртүстi және теңбіл талма-балық, Северцов талма-балығы мен балқаш алабұғасы.
1.Schizothorax argentatus– балқаш қара — балығы. Балқаш-Алакөл бассейнінде және Шу өзенінде екі түрасты мекендейді: кәдімгі балқаш қара — балығы Sch. a. argentatus және іле қара-балығы. Іле қара-балығының популяциясы эндемикалық экотип, көкбас депте аталады, Қазақстанның қызыл кітабына (2008) енгізілген, іс жүзінде жойылып кеткен түр деп саналады.
- Triplophysa labiata – бiртүстi талма-балық. Балқаш-Алакөл бассейнінің эндемигі.
Саны қатты қысқарғаннан кейін Алматы облысының Қызыл кітабына (2006)енгізілген.
3.Nemacheilus sewerzowi–Северцов талма-балығы. Балқаш-Алакөл бассейнінің эндемигі. Алматы облысының Қызыл кітабына (2006)енгізілген.
4.Perca schrenkii — балқаш алабұғасы. Балқаш-Алакөл бассейнінің эндемигі. Бақаш-Іле популяциясы Қазақстанның қызыл кітабына енгізілген.
- Acipenser nudiventris- кәдiмгi бекiре, пiлмай. Арал мен Балқаш Қазақстанның қызыл кітабына (2008) енгізілген, арал популяциясы –Өзбекістанның Қызыл кітабына (2003) – CR, каспий популяциясы – Түркменияның (1999) және Ресейдің (2001) Қызыл кітаптарына енгізілген. ХТҚО -ның Қызыл тізбесіне (СR): A2cde ауыр, сыни жағдайдағы түр ретінде енгізілген
6. Barbus (=Luciobarbus) brachycephalus қысқа-басты қаяз немесе теңге-балық. Теңге-балықтың аралдық тұрасты Қазақстанның, (2008), Тәжікстанның (1997), Өзбекстанның (2003) және Қыргызстанның (2006) Қызыл кітаптарына енгізілген.
Қосмекенділер
Резерватта қосмекенділердің 2 тұқымдасқа жататын 3 түрі кездеседі. Певцов бақасы Қазақстанның Қызыл кітабына енгізілген.
Бауырмен жорғалаушылар
Қазақстан фаунасының генетикалық қоры кітабының деректеріне сәйкес Іле өзенінің атырау бөлігінде және сексеуіл алқаптарының іргелес аумағында бауырымен жорғалаушылардың кемінде 19 түрі мекендейді:
- Орталық Азия тасбақасы – Agrionemys horsfieldi
- Жылтырауық жармасқы – Teratoscincus scincus
- Шиқылдақ жармасқы– Alsophylax pipiens
- Сұр жармасқы – Tenuidactylus russowi
- Дала ешкіемері – Agama sanguinolenta
- Бұлаңқұйрық батбат– Phrynocephalus guttatus
- Құлақты батбат– Phrynocephalus mystaceus
- Шапшаң кесіртке– Eremias velox
- Әртүрлі түсті кесіртке– Eremias arguta
- Жолақ кесіртке– Eremias scripta
- Ұзынжолақты кесіртке– Eremias lineolata
- Орташа кесіртке– Eremias intermedia
- Торлы кесіртке– Eremias grammica
- Шығыс айдаһаршасы— Eryx tataricus
- Су сарыбас жыланы– Natrix tessellate
- Кәдімгі сарыбас жылан– Natrix natrix
- Өрнекті жылан– Elaphe dione
- Оқжылан– Psammophis lineolatum
- Боз жылан– Gloudius halys
Құстар
Оңтүстік Балқаш маңында Қазақстанда кездесетін құстардың 50 %, яғни 303 түрі 18 тобырға, 54 тұқымдасқа жатады. Олардың 33 түрі Қазақстанның Қызыл кітабына енгізілген, 20 түрі ХТҚО-ның қызыл тізіміне енгізілген.
Қазақстанның Қызыл кітабына енгізілген құстар.
- Қызғылт бірқазан-Pelecanus onocrotalus
- Бұйра бірқазан —Pelecanus crispus
- Жалбай — Platalea leucorodia
- Қарабай —Plegadis falcinellus
- Қара дегелек —Ciconia nigra
- Сұңқылдақ аққу-Cygnus cygnus
- Қызылжемсаулы қарашакөз-Rufibrenta ruficollis
- Қытай қазы-Cygnopsis cygnoides
- Алакөз сүңгуір —Aythya nyroca
- Ақбас үйрек — Oxyura leucocephala
- Кәдімгі тұрпан —Melanitta fusca
- Балықшы тұйғын-Pandion haliaetus
- Жыланжегіш- Circaetus gallicus
- Бақалтақ бүркіт- Hieraaetus pennatus
- Дала қыраны-Aquila nipalensis
- Қарақұс- Aquila heliaca
- Бүркіт- Aquila chrysaetos
- Кезқұйрықты субүркіті-Haliaeetus leucoryphus
- Аққұйрықты субүркіті-Haliaeetus albicilla
- Ителгі-Falco cherrug
- Лашын-Falco peregrinus
- Сұр тырна- Grus grus
- Ақбас тырна-Anthropoides virgo
- Дуадақ- Otis tarda
- Безгелдек —Tetrax tetrax
- Жек дуадақ —Chlamydotis undulata
- Тарғақ- Chettusia gregaria
- Қарабасты өгізшағала-Larus ichthyaetus
- Қарабауыр бұлдырық-Pterocles orientalis
- Қылқұйрық бұлдырық- Syrrhaptes paradoxus
- Қоңыр кептер —Columba eversmanni
- Үкі- Bubo bubo
- Cексеуіл жорғаторғайы —Podoces panderi
ХТҚО-ның Қызыл тізіміне енгізілген құстар
- Бұйра бірқазан —Pelecanus crispus
- Қызылжемсаулы қарашакөз-Rufibrenta ruficollis
- Қытай қазы-Cygnopsis cygnoides
- Алакөз сүңгуір —Aythya nyroca
- Ақбас үйрек —Oxyura leucocephala
- Дала құладыны —Circus macrourus
- Шаңқылдақ қыран-Aquila clanga
- Қарақұс —Aquila heliaca
- Кезқұйрықты субүркіті-Haliaeetus leucoryphus
- Тазғара —Aegypius monachus
- Ителгі- Falco cherrug
- Дала күйкентайы —Falco naumanni
- Шәукілдек-Crex crex
- Дуадақ-Otis tarda
- Безгелдек —Tetrax tetrax
- Жек дуадақ —Chlamydotis undulata
- Тарғақ- Chettusia gregaria
- Үлкен дүпілдек-Limosa limosa
- Қоңыр кептер —Columba eversmanni
- Көкқарға-Coracias garrulus
Сүтқоректілер
«Іле-Балқаш» мемлекеттік табиғи резерватының аумағында 5 отрядқа және 16 тұқымдасқа жататын жабайы сүтқоректілердің 45 түрі тіршілік етеді.
Атап айтқанда:
Жәндіктер тобыры (Eulipotyphla, бұрынғы атауы Insectivora) – 3 түр, 2 тұқымдас
Қолқанаттылар тобыры (Chiroptera) – 5 түр, 1 тұқымдас
Кеміргіштер тобыры (Rodentia) – 21 түр, 5 тұқымдас
Қоянтәрізділер тобыры (Lagomorpha) – 1 түр, 1 тұқымдас
Жыртқыштар тобыры (Carnivora) – 10 түр, 3 тұқымдас
Қос тұяқтылар және киттәрізділер (Cetartiodactyla) – 4 түр, 4 тұқымдас
Резерват аумағында Қазақстанның Қызыл кітабына енгізілген келесі сирек және жойылып бара жатқан сүтқоректілер мекендейді:
- Боз ергежейлі қосаяқ (Salpingotus pallidus)
- Шұбар күзен (Vormela peregusna)
- Қарақұйрық (Gazella subgutturosa)
Қайта жерсіндірілген түрлер:
- Бұқар бұғысы (Cervus hanglu bactrianus)
- Құлан (Equus hemionus)