Животный мир
Фауна позвоночных животных резервата представлена 32 видами рыб, 3 видами земноводных, 19 видами пресмыкающихся, 284 видами птиц, 39 видами млекопитающих.
Рыбы
Фауна рыб насчитывает 32 вида, 9 из которых аборигенные и 23 — интродуценты. К эндемичным относится 6 видов – семиреченский гольян (Phoxinus brachyurus) и балхашский гольян (Lagowskiella poljakowi), балхашская маринка (Schizothorax argentatus), одноцветный губач (Triplophysa labiata), пятнистый губач (Triplophysa strauchii), голец Северцева (Nemacheilus sewerzowi) и балхашский окунь (Perca schrenkii).
Земноводные
В настоящее время для дельты Иле известно 3 вида земноводных: среднеазиатская жаба (Bufo pewzowi), озёрная лягушка (Rana ridibunda), центральноазиатская лягушка (Rana asiatica).
Центральноазиатская лягушка (Rana asiatica) в последние два десятилетия перестала встречаться, предположительно в результате вытеснения озерной лягушкой. Внесена в Красную книгу Казахстана.
Пресмыкающиеся
Согласно данным Книги генетического фонда фауны Казахстана в дельтовой части р. Иле и прилегающей территории саксауловых массивов обитает не менее 19 видов пресмыкающихся:
- Среднеазиатская черепаха – Agrionemys horsfieldi
- Сцинковыйгеккон – Teratoscincus scincus
- Пискливый геккончик – Alsophylax pipiens
- Серый геккон – Tenuidactylus russowi
- Степная агама – Agama sanguinolenta
- Круглоголовка-вертихвостка – Phrynocephalus guttatus
- Ушастая круглоголовка – Phrynocephalus mystaceus
- Быстрая ящурка – Eremias velox
- Разноцветная ящурка – Eremias arguta
- Полосатая ящурка – Eremias scripta
- Линейчатая ящурка – Eremias lineolata
- Средняя ящурка – Eremias intermedia
- Сетчатая ящурка – Eremias grammica
- Восточный удавчик — Eryx tataricus
- Водяной уж – Natrix tessellate
- Обыкновенный уж – Natrix natrix
- Узорчатый полоз – Elaphe dione
- Стрела-змея – Psammophis lineolatum
- Щитомордник – Gloudius halys
Птицы
Авифауна территории резервата представлена 284 видами из 53 семейств 17 отрядов: Гагарообразные (1 сем.,1 вид); Поганкообразные (1 сем., 5 видов); Веслоногие (2 сем., 3 вида); Аистообразные (3 сем., 9 видов); Гусеобразные (1 сем., 27 видов); Соколообразные (3 сем., 29 видов); Курообразные (1 сем., 3 вида); Журавлеобразные (3 сем., 12 видов); Ржанкообразные (7 сем., 46 видов); Голубеобразные (2 сем., 9 видов); Кукушкообразные (1 сем., 1 вид); Совообразные (1 сем., 7 видов); Козодоеобразные (1 сем., 1 вид); Стрижеобразные (1 сем., 1 вид); Ракшеобразные (4 сем., 5 видов); Дятлообразные (1 сем., 2 вида); Воробьинообразные (20 сем., 117 видов).
Основное ядро орнитофауны составляет 150 гнездящихся видов, в том числе 22 оседлых: орлан-белохвост, серая куропатка, фазан, филин, домовый сыч, белокрылый дятел, сизый голубь, кольчатая горлица, малая горлица, хохлатый жаворонок, сорока, черная ворона, пустынный ворон, саксаульная сойка, усатая синица, ремез, белая лазоревка, большая синица, серая синица, тростниковая овсянка, полевой воробей, домовой воробей.
К числу мигрантов относится 125 видов. К категории залетных отнесено 6 видов — каравайка, краснозобая казарка, горный гусь, сухонос, черный гриф, белохвостая пигалица. Зимующими, включая оседлых, являются 88 видов.
К категории птиц, исчезнувших на гнездовании во второй половине ХХ столетия, относится 4 вида: каравайка, скопа,коростель, белохвостая пигалица. Большинство из них, кроме последнего, встречаются здесь в настоящее время в период миграций. В результате естественных процессов расселения в дельте Иле в этот период появились на гнездовании 6 новых видов: кольчатая горлица, малая горлица, буланая совка, рыжепоясничная ласточка, длиннохвостый сорокопут, большая синица.
Ключевыми являются виды, имеющие значимость для сохранения экосистем. К ним отнесены 20 гнездящихся видов: кудрявый пеликан, савка, белоглазая чернеть, могильник, степная пустельга, дрофа-красотка, саджа (Red list of IUCN), розовый пеликан, колпица, беркут, орлан-белохвост, серый журавль, лебедь-кликун, чернобрюхий рябок, бурый голубь, филин, илийская саксаульная сойка (Красная книга Казахстана), белокрылый дятел, серая синица, саксаульный воробей (эндемики или близкие к ним).
Индикаторные виды, реагируя на естественные и антропогенные факторы путем снижения или повышения численности и даже полного исчезновения, служат показателями состояния и благополучия природной среды или отдельных экосистем. К категории индикаторных отнесено 30 видов птиц: большая поганка, кудрявый пеликан, розовый пеликан, большой баклан, большая белая цапля, серая цапля, колпица, серый гусь, лебедь-шипун, лебедь-кликун, огарь, кряква, серая утка, красноносый нырок, белоглазая чернеть, орлан-белохвост, дрофа-красотка, лысуха, озерная чайка, хохотунья, чеграва, речная крачка, ходулочник, саджа, чернобрюхий рябок, бурый голубь. белокрылый дятел, илийская саксаульная сойка, серая синица, саксаульный воробей.
В Красную книгу Республики Казахстан внесено 33 обитающих здесь редких и исчезающих видов птиц, из них 19 являются гнездящимися, 11 – мигранты и 3 – залетные. Особенно важна эта территория в качестве места гнездования кудрявого и розового пеликанов, колпицы, савки, белоглазой чернети, орлана-белохвоста, а прилежащие пустыни – саксаульной сойки, саджи, чернобрюхого рябка.
К категории глобально угрожаемых видов птиц, занесённых в Красные списки МСОП, относится 20 видов, из них гнездящимися являются 8: кудрявый пеликан, савка, белоглазая чернеть, могильник, степная пустельга, дрофа-красотка, бурый голубь, сизоворонка.
Млекопитающие
Фаунистический комплекс млекопитающих представлен 39 видами, 3 из которых внесены в Красную Книгу Казахстана.
Из отряда Насекомоядных на территории резервата встречается три вида: ушастый ёж (Erinaceus auritus), малая белозубка (Crocidura suaveolens), пегий путорак (Diplomesodon pulchellum).
Отряда Рукокрылых представлен усатой ночницей (Myotis mystacinus), серым ушаном (Plekotus austriacus) и поздним кожаном (Eptesicus serotinus).
Отряд Хищные на территории резервата представлен 10 видами. Из них 4 вида (шакал, волк, корсак, лисица) относятся к семейству псовых. Семейство куньи представлено пятью видами: ласка (Mustela nivalis), степной хорёк (Mustela eversmanni), солонгой (Mustela altaica), перевязка (Vormela peregusna), барсук (Meles meles). Семейство кошачьи представлено степной кошкой (Felis libyca).
Отряд Парнокопытные, семейство свиные включает один вид – кабан (Sus scrofa). Семейство оленьи представлено сибирской косулей (Capreolus pygargus). Из редких видов парнокопытных на территории Южного Прибалхашья встречается джейран (Gazella subguttorosa). Летом по юго-западной части территории резервата возможны встречи единичных особей сайги (Saiga tatarica) из Бетпакдалинско-Арысской группировки.
Отряд Грызуны включает шесть семейств: беличьи, ложнотушканчиковые, тушканчиковые, хомяковые, песчанковые, мышиные. Семейство беличьи включает три вида: тонкопалый суслик (Spermophilopsis leptodactylus), краснощёкий суслик (Spermophilus erythrogenus intermedius), жёлтый суслик (Spermophilus fulvus).
Семейство ложнотушканчиковые представлено следующими видами: тушканчик Житкова (Pygerethmus zhitkovi), малый тушканчик (Allactaga elater). Представитель семейства тушканчиковые — емуранчик (Stylodipus telum), мохноногий тушканчик (Dipus sagitta), тушканчик Лихтенштейна (Eremodipus lichtensteini), бледный карликовый тушканчик (Salpingotus pallidus) — занесён в Красную Книгу Казахстана.
Семейство хомяковые представлено тремя видами: серый хомячок (Cricetulus migratorius), ондатра (Ondatra zibethicus), водяная полёвка (Arvicola terrestris).
Отряд Зайцеобразные, семейство зайцы представлено толаем (Lepus tolai). Семейство песчанковые представляют 4 вида: большая песчанка (Rhombomys opimus), гребенщиковая песчанка (Meriones tamariscinus), краснохвостая песчанка (Meriones libycus), полуденная песчанка (Meriones meridianus). В семейство мышиные входят: домовая мышь (Mus musculus) и лесная мышь (Apodemus sylvaticus).