Красная книга
Занесенные в Красные книги растения и животные подлежат особой охране. За их уничтожение взимаются штрафы и возмещение ущерба. Красная Книга — это юридический документ, на основании которого предпринимаются меры по защите и сохранению редких видов растений и животных вплоть до уголовного преследования лиц, причастных к их уничтожению.
Растения
Растения, занесённые в Красную книгу Казахстана.
| № | Латинское название | Русское название | Казахское название |
| 1 | Schoenoplectus kasachstanicus (Dobrochot.) T.V. Egorova
(≈Scirpus kasachstanicus Dobrochot.) |
Схеноплектус казахстанский
(≈ Камыш казахстанский) |
Қазақстан қамысы |
| 2 | Stipagrotis pennata (Trin.) De Winter | Селин перистый | Қауырсынды селеу, ақ селеу |
| 3 | Tulipa behmiana Regel | Тюльпан Бема | Бем қызғалдағы |
| 4 | Nymphoides peltatum (S.G.Gmel.) O.Kuntze | Болотноцветник щитолистный | Қалқан жапырақты батпақгүл |
| 5 | Nymphaea candida J.Presl. | Кувшинка чисто-белая | Аппақ-ақ лалагүл |
| 6 | Populus pruinosa Schrenk | Тополь сизый, туранга | Тораңғыл терек |
Животный мир
Рыбы
В Красную книгу Казахстана внесено 5 вида – Балхашский окунь (Perca schrenkii), Шип (Acipenser nudiventris), Аральский усач (Barbus brachycephalus), Балхашская маринка (Schizothorax argentatus argentatus) и Илийская маринка (Schizothorax argentatus pseudaksaiensis)
Земноводные
В дельте реки Иле из числа редких и исчезающих земноводных, внесенных в Красную Книгу Казахстана, известно обитание только одного вида – центральноазиатской лягушки (Rana amurensis). Численность и ареал вида в последнее время катастрофически сокращается. Она исчезла в местах былого обитания по рекам Иле, Алматинка, Каскеленка, Чемолган и в окрестностях г.Алматы, где раньше была обычной. В настоящее время в Илийской долине она сохранилась только в низовьях р. Чарын в границах Чарынского национального парка.
Пресмыкающиеся
Редкие виды пресмыкающихсяна территории резервата не отмечены.
Птицы
Дельта Иле является самой крупной в Казахстане естественной дельтой и одним из наиболее значимых в Центральной Азии водно-болотных угодий, имеющих международное значение в качестве мест массового гнездования водоплавающих и околоводных птиц, а также скоплений во время миграций, в том числе и глобально угрожаемых видов.
Достаточно отметить, что в Красную книгу Республики Казахстан, включающей 56 видов птиц, внесено 33 обитающих здесь редких и исчезающих видов птиц, из них 19 являются гнездящимися, 11 – мигранты и 3 – залетные.
Особенно важна эта территория в качестве места гнездования кудрявого и розового пеликанов, колпицы, савки, белоглазой чернети, орлана-белохвоста, а прилежащие пустыни – саксаульной сойки, саджи, чернобрюхого рябка.
Большую важность водно-болотные угодья имеют также в качестве мест линьки и остановок мигрирующих птиц.
К категории глобально угрожаемых видов птиц, занесённых в Красные списки МСОП, относится 20 видов, из них гнездящимися являются 8: кудрявый пеликан, савка, белоглазая чернеть, могильник, степная пустельга, дрофа-красотка, бурый голубь, сизоворонка.

*Примечание: B- гнездящийся; М – мигрант; V- залётный; O – оседлый вид.
٭٭I категория – исчезающие (виды или подвиды, находящиеся под угрозой исчезновения, в том числе и возможно уже исчезнувшие, так как информации по ним нет уже несколько лет, но не более 50);
II категория – сокращающиеся (виды, численность которых относительно высока, но сокращается катастрофически быстро, что в недалеком будущем может привести эти виды в категорию исчезающих);
III категория – редкие (виды, которым в настоящее время не грозит исчезновение, но встречаются они в таком небольшом количестве или на таких небольших территориях, что легко могут исчезнуть при неблагоприятном изменении среды обитания под воздействием природных или антропогенных воздействий);
IV категория – неопределенные (виды, образ жизни которых изучен недостаточно, а численность и состояние популяций вызывают тревогу, однако недостаток сведений не позволяет отнести их ни к одной из перечисленных категорий);
V категория – восстановленные (виды, состояние которых, благодаря принятым мерам охраны, не вызывает более опасений, но они не подлежат еще промысловому использованию и за их популяциями необходим еще постоянный контроль).

Примечание: * CR: critically endangered – находящиеся на грани полного исчезновения (критически угрожаемые); EN: endangered – исчезающие (угрожаемые); VU: vulnerable – уязвимые; CD: conservation dependent – зависящие от охраны (нуждающиеся в охране); DD: data deficient – статус не определен (недостаток данных); NT: near threatened – «близкие к угрожаемым», т.е. виды, которые могут в будущем попасть под угрозу.
Млекопитающие
Из 45 видов млекопитающих, обитающих в дельте р.Иле, 5 вида внесены в Красную Книгу Казахстана:
1.Перевязка (Vormela peregusna)
Спорадично распространена в пустынных и полупустынных ландшафтах вплоть до остепнённых предгорий. Вид занесён в Красную Книгу Казахстана со статусом 3 категории. Редкий зверек с быстро сокращающимся ареалом. Единственный вид монотипичного рода в фауне СНГ. Наиболее часто встречается в закрепленных, слабобугристых песках, поросших саксаулом, терескеном, джузгуном, караганой, астрагалами, чередующихся с глинистыми равнинами. Численность подвержена резким колебаниям, что, очевидно, связано с численностью основных объектов питания (песчанки и суслики).
2.Джейран (Gazella subguttorosa)
Встречается на территории Южного Прибалхашья. Вид занесён в Красную Книгу Казахстана со статусом 3 категории. Редкий вид. Численность и местообитания в ряде районов сокращаются. Единственный представитель рода газелей и подсемейства антилоп в Казахстане, где находится северная часть его ареала. Места обитания джейранов – закрепленные бугристые пески, щебнистые и глинистые пустыни, пересеченные сухими руслами, покрытые зарослями саксаула, джузгуна, боялыча, терескена или открытые щебнистые пространства с саксаульниковыми или тасбиюргуновыми пастбищами.
3.Бледный карликовый тушканчик (Salpingotus allidus)
Обитает в Южном Прибалхашье на сглаженных песчаных плакорах. Занесён в Красную Книгу Казахстана со статусом 3 категории. Места обитания – мелкозернистые перевеянные пески различного рельефа. Численность в Южном Прибалхашье подвержена заметным колебаниям по годам.
4. Кулан (Equus hemionus)
Кулан — представитель фауны полупустынных и пустынных территорий. Относится ко II категории. В международном аспекте является видом, численность которого резко сокращается, в связи с чем занесён в Красную книгу МСОП. Обитает в районах с жарким и сухим климатом и холодной зимой, что свидетельствует о его высокой экологической приспособленности. Предпочитает открытые равнинные участки, чаще возвышенности. Обитает в низкогорьях и у их подножий.
5. Бухарский олень (Cervus elaphus bactrianus)
Обитает в тугайных лесах и тростниковых зарослях по берегам рек пустынной зоны. Относится к I категории — виду, находящемуся под угрозой исчезновения. Является одним из 8 подвидов благородного оленя, распространённых в пустынных районах Средней Азии и Казахстана.
