По ботанико-географическому районированию, территория резервата входит в состав Сахаро-Гобийской пустынной области, Ирано-Туранской подобласти, Северотуранской провинции, Центрально-Северотуранской подпровинции.

Территория резервата расположена в подзоне средних настоящих пустынь.

Растительный покров резервата подразделяется на растительность современной и древней дельты р. Иле и растительность абразионно-аккумулятивной равнины южного побережья озера Балхаш.

Растительность резервата представлена пятью типами: тугайным, луговым, болотным, погружено-водным, пустынным.