Территория резервата охватывает небольшой участок современной дельты реки Иле и часть недавно отмершей Баканасской древней дельты, а также неширокую полосу Прибалхашской аккумулятивно-абразионной равнины. Она представляет собой слабонаклонную поверхность, сложенную аллювиальными, озёрными отложениями. Эти отложения четвертичного (антропогенового) и современного возраста служат почвообразующими породами распространенных здесь почв.
Состав отложений достаточно разнообразен, от песчаных до суглинков и глин и, обычно, характеризуется слоистостью. Значительную площадь на данной территории занимают эоловые отложения, в своей основе более древние, чем аллювиальные и образующие грядово-бугристые и бугристые формы обычно ориентированные с юго-востока на северо-запад.
Вся территория резервата расположена в зоне настоящих пустынь, однако типичные представители зональных серо-бурых почв здесь отсутствуют. Среди автоморфных почв выделяются только такыровидные почвы и такыры, а также часть песчаных массивов. Остальную часть почвенного покрова составляют почвы гидроморфного и отчасти полугидроморфного режима, т.е. почвы, формирование которых связано с дополнительным увлажнением за счёт грунтового и поверхностного увлажнения. Этот ряд почв представлен от луговато и лугово-пустынных до луговых и болотных.
В целом на территории резервата наибольшее распространение получили пустынные песчаные почвы, такыровидные и такыры, относящиеся к автоморфным почвам. Часть песчаных массивов, бугристые и мелкобугристые приуроченные к современной дельте Иле являются лугово-пустынными (чуротные пески), формирующиеся в условиях периодического подтопления. Также значительно распространены различные типы и роды гидроморфных почв.
Необходимо отметить, что в условиях современной дельты процессы почвообразования крайне динамичны. Формирование почв в условиях гидроморфного режима зависит от динамики грунтовых и поверхностных вод, происходящих как в годовом, так и сезонном цикле.
