Резерват является научно-исследовательским учреждением и осуществляет научную и научно-техническую деятельность.

Научная деятельность в природоохранных учреждениях осуществляется путем организации стационарных системных наблюдений по изучению природных комплексов и объектов государственного природно-заповедного фонда, мониторинга природных процессов, включая ведение Летописи природы, а также разработки научных основ и методов сохранения биологического разнообразия, восстановления экологических систем и объектов государственного природно-заповедного фонда.

К научно-исследовательской деятельности относятся:

• фундаментальные научные исследования, направленные на получение новых знаний, в том числе ведение Летописи природы;
• прикладные научные исследования, направленные на разработку научных методов охраны природы и экологического мониторинга.

К научно-технической деятельности относятся:

• ведение комплексного экологического мониторинга;
• проведение инвентаризации природных и историко-культурных комплексов и объектов;
• создание геоинформационных систем и связанных с ними баз данных.

Основными направлениями научных исследований являются:

• инвентаризация природных комплексов и их отдельных компонентов в пределах территории природного резервата и его охранной зоны с выделением на изучаемой территории модельных экосистем, территорий, подверженных смене одного вида биоценоза другим, видов – индикаторов экологического состояния природной среды;
• формирование базы данных о состоянии и динамике биоценозов, а также их компонентов;
• изучение популяций редких и исчезающих, эталонных и ценных видов растений и животных на охраняемой территории, а также о влиянии на них экологических факторов и режима охраны;
• осуществление мониторинга природных процессов, фиксация результатов в «Летописи природы» с целью регистрации всех изменений, происходящих в природных комплексах как в результате естественных, так и прямых или косвенных антропогенных воздействий;
• разработка научно-обоснованных предложений и рекомендаций по улучшению охраны, рациональному использованию и восстановлению природных комплексов, биологического разнообразия, отдельных видов и групп организмов. На основе анализа всех видов деятельности (хозяйственной, рекреационной) в государственном природном резервате разрабатываются и внедряются научные методы сохранения и восстановления биоразнообразия;
• сравнительный анализ биологическогоразнообразиятерриторииприродногорезервата и сопредельных территорий.
• реинтродукция животных: бухарский олень, кулан, тигр.

Штат научного отдела резервата включает 8 сотрудников: руководителя отдела, 2 старшего научного сотрудника, 2 научных сотрудников, 1 младшего научного сотрудника и 2 лаборантов.

29 декабря 2023 года приказом № 27-4/347-нд Комитета лесного хозяйства и животного мира утверждён План научно-исследовательских работ на 2024–2028 годы, согласованный письмом Комитета науки Министерства науки и высшего образования Республики Казахстан от 28.12.2023 № 3487-16-13250-2/1-1-6. Темы закреплены за специалистами научного отдела.

НТС резервата выполняет следующие функции:

• рассматривает и утверждает планы и программы научно-исследовательских работ научных сотрудников и их отчеты о результатах научной деятельности;
• обсуждает итоги и перспективы развития комплексного мониторинга на ООПТ;
• осуществляет рассмотрение и прием результатов НИР, подготовленных по заказу ООПТ;
• рассматривает вопросы о представлении научных работников к ведомственным и правительственным наградам и почетным званиям; о выдвижении на соискание премий и стипендий;
• обсуждает вопросы издания научных трудов, подготовки к научным и научно-практическим совещаниям и конференциям;
• готовит и утверждает организационно-методические документы по научно-исследовательской деятельности ООПТ;
• рассматривает вопросы развития сотрудничества заповедника с другими научно-исследовательскими учреждениями и вузами, в том числе по подготовке научных кадров и специалистов в области охраны окружающей природной среды;
• оценивает перспективные планы оптимизации территориальной структуры заповедника, его границ, создания в регионе новых особо охраняемых природных территорий;
• рассматривает и готовит экспертные заключения по проекты и схемам размещения хозяйственных и иных объектов, способных оказать негативное воздействие на экосистемы заповедной территории, в том числе в рамках проведения их общественной и государственной экспертизы;
• проводит аттестацию научных кадров заповедника;
• рассматривает и утверждает планы и программы проведения в ООПТ научных семинаров по актуальным проблемам;
• рассматривает вопросы, связанные с управлением природными ресурсами ООПТ, в том числе связанные с изъятием с территории диких животных и растений;
• на основании данных мониторинга и научных исследований готовит рекомендации директору ООПТ по регламентации (увеличению или снижению) антропогенных нагрузок на туристских и экскурсионных маршрутах, а также на специально выделенных участках на территории ООПТ;
• рассмотрение иных вопросов научной и научно-технической деятельности ООПТ, требующих коллегиального решения.

Научное сотрудничество

Резерват имеет долгосрочные научные связи и заключает новые договора о взаимовыгодном сотрудничестве в разных областях научно-исследовательской деятельности.